由于生物有機(jī)肥和精制有機(jī)肥（將畜禽糞便、秸稈等有機(jī)物料進(jìn)行無(wú)害化處理后形成的商品有機(jī)肥）在商品形態(tài)上區(qū)別不大，加之一些精制有機(jī)肥廠家夸大宣傳，在包裝標(biāo)識(shí)上打擦邊球，有意靠近生物有機(jī)肥，給廣大農(nóng)民和一些經(jīng)銷(xiāo)商造成概念上的混淆。其實(shí)，生物有機(jī)肥和精制有機(jī)肥是有本質(zhì)區(qū)別的。

 生物有機(jī)肥執(zhí)行標(biāo)準(zhǔn)為NY884—2004，以有效活菌數(shù)和有機(jī)質(zhì)為考量指標(biāo)，要求每克含有效活菌數(shù)不低于2000萬(wàn)個(gè)，有機(jī)質(zhì)不低于25%（按新檢測(cè)方法調(diào)整為40%）。對(duì)無(wú)機(jī)養(yǎng)分的要求為：若產(chǎn)品中加入無(wú)機(jī)養(yǎng)分，應(yīng)明示產(chǎn)品中總養(yǎng)分含量，以氮、五氧化二磷、氧化鉀總量表示；而精制有機(jī)肥執(zhí)行標(biāo)準(zhǔn)為NY525—2002，以有機(jī)質(zhì)和氮磷鉀為考量指標(biāo)，要求有機(jī)質(zhì)不低于30%，氮磷鉀總含量不低于4%。簡(jiǎn)單說(shuō)，生物有機(jī)肥含有益功能菌，精制有機(jī)肥不含有益功能菌。

  第二、管理權(quán)限不同。生物有機(jī)肥的管理、發(fā)證機(jī)關(guān)為國(guó)家農(nóng)業(yè)部，只有獲得農(nóng)業(yè)部微生物肥料登記證的生物有機(jī)肥才允許生產(chǎn)、銷(xiāo)售和使用；精制有機(jī)肥的管理、發(fā)證機(jī)關(guān)為省級(jí)農(nóng)業(yè)主管部門(mén)。簡(jiǎn)單說(shuō)，生物有機(jī)肥是國(guó)家發(fā)證，精制有機(jī)肥是省上發(fā)證，這是區(qū)別生物有機(jī)肥和精制有機(jī)肥 直接的方法。

  第三、生產(chǎn)工藝不同。生物有機(jī)肥是在發(fā)酵腐熟的有機(jī)肥中加入有益菌制成的，生產(chǎn)工藝的核心是菌種的發(fā)酵培養(yǎng)，培養(yǎng)結(jié)果要使產(chǎn)品中的有效活菌數(shù)達(dá)到農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的要求，否則就是不合格產(chǎn)品。而精制有機(jī)肥的生產(chǎn)工藝僅僅是有機(jī)肥的腐熟。從生產(chǎn)工藝考量，生物有機(jī)肥有菌種培養(yǎng)工藝，精制有機(jī)肥沒(méi)有。有經(jīng)驗(yàn)的經(jīng)銷(xiāo)商考察生物有機(jī)肥企業(yè)時(shí)，不僅看廠區(qū)規(guī)模，還要看有沒(méi)有菌種培養(yǎng)工藝和工藝的先進(jìn)性。

  第四、施用效果不同。生物有機(jī)肥發(fā)揮作用的主要是其中的有益功能菌，因此除具有精制有機(jī)肥補(bǔ)充土壤有機(jī)質(zhì)的功能外，還有疏松土壤、改善農(nóng)作物品質(zhì)、提高化肥利用率、刺激根系發(fā)育、防病抑病等菌肥的功能，另外，生物有機(jī)肥中的功能菌還能促進(jìn)有機(jī)質(zhì)進(jìn)一步熟化和營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)轉(zhuǎn)化，提高有機(jī)質(zhì)效能。簡(jiǎn)單說(shuō)，生物有機(jī)肥的功能要比精制有機(jī)肥寬泛得多，充其量也只能說(shuō)精制有機(jī)肥是生物有機(jī)肥的半成品。

  第五、銷(xiāo)售價(jià)格不同。相對(duì)精制有機(jī)肥而言，生物有機(jī)肥增加了菌種發(fā)酵環(huán)節(jié)，對(duì)工藝的要求要嚴(yán)格得多，較大幅度增加了生產(chǎn)成本，售價(jià)也相應(yīng)提高。